而此时清的统治已经稳固 ，北方已经安定 。满清已经与北方的汉族地主取得和解 ，统治基础牢固 ，很难撼动 。而藩军的正统性本来就不合法 ，很难得到地方支持 。虽然开始节节胜利但后劲不足 ，而康熙算得上是一代英主 ，面对反叛的乱军调度有方 ，有条不紊的进行战略部署 ，再加上吴三桂老矣 。病重而亡 ，最终败亡 ，但个人能力还是够用的毕竟与清政府划江而治 ，形成了南明无法企及的战果 。
三藩平定之后 ，清朝在全国的统治建立 。大统一的王朝再次出现 。在霍乱平息之后 ，对于藩国开始采取流管统治 ，对于暂时不稳的边地依然采取羁糜政策 。稳固边防 ，清以前的大统一除了蒙元是被征服的以外 ，都是汉族完成的汉族大统一 ，而清朝的统一则是由少数民族建立的统一 ，是满、蒙、回、藏、汉五族的大统一 ，是中华民族有史以来的第一次 。但代价也很大 ，不仅使中国再次陷入封建王朝的循环失去近代化的最后机会 ，而造成当时的生灵涂炭 。
