战争的失败，迫使沙俄不得不重新面对清朝这个强大的对手。最后只能用条约来解决中俄两国东部边界的问题。但条约的签订，并没有那么顺利，1688年，原本计划在沙俄内的色楞格谈判，后来因各种因素，于1689年，改成在尼布楚谈判。俄方代表是戈洛文，中方代表是索额图。由于喀尔喀蒙古北部的西伯利亚地区被噶尔丹占领，导致清朝暂时无法划定中段边界线。
一开始，索额图便提出以贝加尔湖和勒拿河为界，往东地区是属于中国的，往西是沙俄的。沙俄肯定不会同意，而沙俄的要求是以黑龙江为界，清朝更是不可能同意，几番谈判无果。在半个多月的谈判中，双方逐渐亮出自己的底线，清朝最开始的底线是：尼布楚、雅克萨、黑龙江上下，及通此江的一江一河，皆为中国之地。也就是说整个黑龙江流域，所有支流的经过的地方，必须是中国的。
经过多次剑拔弩张的谈判，双方最终确定了两国东段的边界，以格尔毕齐河，额尔古纳河，外兴安岭以南，南方广大领土，黑龙江流域，乌苏里江流域，包括库页岛在内，都是中国领土。作为清朝和沙俄签订的第一个条约，使用的国名是：中国，中国这个国号开始登陆近代史各种条约之中。不过条约并没有达到最初的目的，尼布楚地区并没有收回来，被沙俄占了去。
