不久，太平军攻占南京，阳兴贵也更加受到杨秀清的重用，然而，1856年，天京事变爆发，杨秀清被杀，作为养子的阳兴贵受到株连，辛亏他武艺高强，一番厮杀后，竟然逃出了天京，然而他的父亲却下落不明，很有可能被乱兵杀死了。
死里逃生的阳兴贵选择江西仙佛山作为隐居之地，他拜红莲长老和道长尹有霆为师，边苦练武术边钻研医术。此时的阳兴贵眼见建功立业的梦想破灭，于是萌生"不为良相，便为良医"的志向，学成之后，他离开了仙佛山，开始行走江湖，悬壶济世。
江南之地，战火纷飞，湘军和太平军还在殊死争夺。阳兴贵无意间撞见了湘军将领曾国荃，两人交谈甚欢，曾国荃的豪迈之气吸引了他，曾国荃也很欣赏与众不同的阳兴贵，一番劝说之下，阳兴贵的英雄之梦又被点燃，于是加入湘军，先做军医，后结识了都统洪宝麟，二人亲如兄弟，还把妹妹嫁给他，自此，阳兴贵又拿起了军刀跨上战马。
同治十一年（1872年），他随陕甘总督左宗棠亲率湘军前往远征宁夏。
