波雅科夫在黑龙江流窜了近四年时间，四处烧杀抢掠，到1646年7月才返回雅库次克，并将黑龙江一带的水文地形和各个部落的情况汇报给西伯利亚总督。
1649年3月，沙俄殖民头目哈巴罗夫在得到雅库茨克军政长官弗兰茨别科夫的批准后，又率领一支约70人武装入侵黑龙江流域，之后由于遭到当地居民的激烈抵抗，哈巴罗夫又请求增兵至200多人，沿着黑龙江一路抢掠。并且哈巴罗夫这次前来就不打算走了，他在雅克萨修建了木质的城寨，以此为据点，准备彻底吞并黑龙江流域。
黑龙江一带的部落之前通称为野人女真，但是皇太极建立大清之后并没有将这些部落划入满洲，他们则继续留在当地，向清帝国定期朝贡。这些部落的武器装备非常落后，完全不是沙俄匪军的对手，只得向清廷求救。
但是此时清军刚刚入关，关内的战事非常紧张，无暇东顾，直到1652年清廷才命令宁古塔章京出击俄军。在此后的十多年中，清廷以宁古塔为基地，与沙俄展开了拉锯战。由于清军主力都在关内，宁古塔将军手下兵力有限，武器也不占优势，始终无法彻底肃清俄军，双方就耗了起来。
在这段时间中沙俄匪军也没闲着，他们通过与蒙古人贸易以及屯田，解决了后期补给问题，并且凭借武器上的优势控制了许多部落，进一步巩固了占领区域。不过沙俄军队人数实在太少，同样无力继续南下。
