傅燮追随大将皇甫嵩征讨黄巾军，八月，汉军在兖州东郡仓亭大破黄巾军，斩杀七千余人，傅燮率部生擒卜巳、张伯、梁仲宁等黄巾军首领，战功卓著。
傅燮不仅具有军事才华，还善于观察时局，他曾多次上书汉灵帝，分析黄巾军作乱的根源，劝谏皇帝远离奸佞小人，结果这些奏疏都被掌权的宦官--中常侍赵忠截获，从此对傅燮怀恨在心。
《后汉书》记载：傅燮为平定黄巾叛乱立下奇功，却遭到赵忠的无端陷害，好在汉灵帝还没傻透，他没有治傅燮的罪，同样也没有封赏，大有功过相抵之意。
不久，西凉军阀边章、韩遂发动叛乱，皇甫嵩奉命征讨，大败而归。
朝议时，司徒崔烈谏言放弃凉州，傅燮挺身而出，厉声大呼："斩司徒，天下乃安！"
