万历二十年（1592），蒙古鞑靼部酋长哱拜在宁夏反叛，当时统领陕、甘、宁等地军务的总督是魏学曾，于是万历皇帝便"赐魏学曾尚方剑督战。"后来，魏学曾战事不利，于是朝廷派甘肃巡抚叶梦熊代替他的职务，也将尚方剑赐给了他。叶梦熊用尚方剑很好的统领了各路兵马，大破哱拜，于是明朝廷便开始多次将尚方剑赐予主将来更好的调动军队。
虽然尚方宝剑号称能够"上斩昏君，下斩馋臣"，但实际上，死于尚方剑之下的人寥寥无几，它更多是作为一种象征意义，表现皇帝的重视和信任。
理论上来说，它是能够斩杀各地的高级官员的，不过这样的例子，更多的还是见于小说、影视剧。
