《永乐大典》原书只有一册，但是嘉靖皇帝十分喜爱这部书，为了防止此书出现意外，下令重新抄录一份，现存世的均为抄本。关于原书的下落有两种猜测，一是明末清初时毁于战火，二是已经给嘉靖皇帝陪葬。到乾隆时期，《永乐大典》只剩8000余册，之后又是各种丢失，有监守自盗者，有毁于义和团运动的，也有流失于列强手中，最后还存于中国国家图书馆的只剩161册，台北国立故宫博物院还有62册，其它均流失于海外。
目前最为靠谱的说法是《永乐大典》的正本殉葬在明世宗的陵墓──永陵中。因为目前的技术条件不够，无法开掘陵墓，故而不能确认。尚若有一天《永乐大典》正本出世，那将是考古史上重大的发现，而随着它的面世，许许多多绝版的文献都能一起面世。这对于我们正确的认识历史有着极为深远的意义！
