不只是黄巾余党，受到黄巾起义的鼓舞与影响，很多地方出现了其他起义军，如黑山军等，他们也都打着黄巾起义军的名号反抗东汉帝国，史学家索性把黄巾余党和其他起义军统称为黄巾军，最著名的黄巾余党要数青州黄巾起义军。当初，张角三兄弟发动黄巾起义之时，也不过数十万部众，青州黄巾起义军却聚集了三十万人，达到了与张角三兄弟发动黄巾起义时同等的规模。因此，东汉帝国面临的第一个问题就是黄巾起义军很长一段时间无法彻底平定的问题。
东汉末年，皇帝昏庸无道，以十常侍为首的宦官集团专权乱政，出现严重的土地兼并，对外接连用兵消耗国力，加上天灾不断，民不聊生，终于导致黄巾起义爆发，黄巾起义又使得本来就千疮百孔的东汉帝国更加虚弱，生产力遭到严重的破坏，导致很多人无家可归，以至于引发更多的农民起义，从而形成了几乎无解的恶性循环。
这第二个问题是关于东汉朝廷自身的，东汉朝廷为了应对黄巾起义，下令允许各州刺史，各郡太守招募乡勇以补充兵员，这样一来，黄巾起义是平定了，但是很多人却乘机拥兵之重。如董卓，参与平定黄巾起义，不仅没有立功，反而被黄巾起义军击败，但是他带来的西凉军几乎毫发无损，显然他是在故意保存实力，这也为之后董卓入京挟持皇帝，祸乱天下埋下伏笔。
