第一，秦琼并不是一开始就跟随着李唐的将领，而是后来投奔过来的，而且他在隋朝的时候，也只是一名普通的将领而已，其地位自然就不能与侯君集殷开山等这样的老臣相比了。
第二，秦琼早年征战中留下了很多伤病，导致他在唐朝开国后，一直重病缠身，无法出征作战，这也影响了他在李世民心中的分量。
第三，现在我们了解秦琼，主要是通过《兴唐传》、《隋唐演义》等民间流传的话本。这些故事都是以秦琼为主要正面人物的，写书人为了博取老百姓的欢心，对秦琼的人品、事迹和功劳都进行了美化加工，秦琼和尉迟恭甚至在民间被描绘成了"门神"。这些都只是秦琼的文学形象、艺术形象。
在正史上，与秦琼的功劳不相上下的功臣还有许多很多，除此之外，李世民还必须考虑到长孙无忌等外戚和文臣的想法，不能让凌烟阁变成武官的功劳簿。如今，秦琼在人们心里不止是一个冷冰冰的历史人物，更是仁义勇敢的化身，我们喜欢秦琼，喜欢隋唐英雄，其实就是喜欢他们身上传递出得那种勇敢无畏，忠君爱国的精神。
