李世民久闻秦琼大名，对他十分重视，不但请他一起住在长春宫，还让他统领所有骑兵，对秦琼待如亲兄弟一般。李世民的诚意令秦琼非常感动，在唐军效命之时，秦琼屡立战功，在美良川、洛阳等多场战役中都立下了汗马功劳。
最终，唐军与王世充窦建德联军在洛阳决战，秦琼仅仅带领十几名精锐骑兵，就冲破了窦建德精心布置的防阵，敌军在阵后看到了唐军的旗帜，都以为自己的部队已经失败，顿时人心涣散，死的死逃的逃。王世充见大势已去，只得出城投降，李唐至此基本统一了全国，秦琼又一次立下了汗马功劳。
唐朝开国以后，秦琼因为战功赫赫被列入凌烟阁，与长孙无忌等人一起被列为唐朝开国的24个功臣，位列第24名，被后人怀念、传颂至今。说到这里，可能有人为秦琼鸣不平，秦琼的功劳这么大，居然被列为倒数第一，还排在程咬金之后，是不是太不公平了。其实并不是秦琼得到了不公平的对待，其原因主要有三个：
