然而，对于清王朝的统治者来说，废除科举对于国家来说却不是一件好事，而是雪上加霜。结果非常明显，科举制的废除，破坏了国家吸收和垄断精英士子的正常渠道，造成了人才资源大面积的流失和权力对读书人的失控。一大批士绅和知识分子突然失去了通过科举取得功名的指望，多年的奋斗瞬间成为泡影。
这让他们一时想不到新的出路，摆在他们面前的是非常陌生的新道路。因而，他们对现实状况表现出了极大的不满。从这个意义上来说，科举制的废除不仅使清王朝失去了原来的支持者，还把这个知识群体转化为社会的不安定因素。
另一方面，科举制度废除后，旧的人才制度虽然可以在一夜之间取消，但是新的选拨制度却不可能在短期内建立，办理学堂的条件远远不会因为单独废除科举制度而相应地自然成熟。无论是经费、师资、校舍以及毕业出路等问题，都困扰着清政府。可以说，对于清政府来说，废除科举虽然是时代的潮流，但它带来的副作用同样是巨大的。
实际上，废除科举带来的弊端是明显的。在新式学堂开办以后，旧式的读书人找不到出路，新式读书人却在迅速增加，全国各地充满了因无法就业而深感前途渺茫的新旧知识分子。他们处于游离状态，社会地位很不稳定，因为对清政府的不满情绪在急剧上升。
在这个基础上，革命的情绪很快就能蔓延开来。同时，随着清末言论自由的日益扩大，追求自由、民主的社会团体大规模出现，清王朝试图加以控制，这反而加剧了双方的矛盾。当知识分子对当政者怨恨到一定程度的时候，那便是大清王朝走向覆灭之时。
