尤其是从军事角度来讲，想要在北方维持抵御蒙古的庞大军队，没有江南地区的物资，更是无从着手。但是在明初首都位于南京的情况下，以此产生的庞大行政消耗，无疑会降低江南地区，对于北方物资的输送量，因此造成了北方地区经济发展的滞缓。从而这将导致明朝中央对于北方，尤其是北京地区，管理上的松弛。
几乎同样的道理，也可以放在作为传统首都的洛阳。洛阳和北京一样，同样需要依赖江南地区的物资，因此一旦这里作为首都，那么和南京一样，都会降低北方尤其是边疆地区，物资的补充。至于长安，非常遗憾的是，处于本身的地形的限制，江南地区的物资在明清时期难以运往长安。而当时长安周边，也就是过去的关中平原，伴随着常年的农业过度发展，在唐代，就已经难以维持一个完整的首都行政和经济体系，因此更加不能考虑在内。而北京不仅是京杭大运河的终点，同时将这里作为首都，便可以以北京的中心，将来自江南的物资分配到边境地区，以此做到对整个北方更加牢固的控制。
但正所谓世上没有十全十美。北京作为首都，虽然有着很多军事上的益处，但是相应的，明朝迁都北京，却也给明朝带来了非常大的负面影响。首先北京的位置过于靠近明朝和蒙古的边境，这无疑导致了明朝在北部边境地区的人口，从迁都开始便出现了不断激增的情况。这一方面增加了当地环境方面的压力，同时也让蒙古和明朝边民之间的矛盾与日俱增。尤其是到明代中后期，伴随着明朝边民数量的激增，很多人甚至逃亡到蒙古一边，他们所拥有的技术，以及对明朝军事部署的了解，对明朝边军带来了非常大的威胁。
