冀州平定之后，崔琰受到了曹操的敬重。后来曹操当魏王时，崔琰被任命为了尚书。《三国志 魏书 崔琰传》记载：琰声姿高畅，眉目疏朗，须长四尺，甚有威重，朝士瞻望，而太祖亦敬惮焉。崔琰面相严肃在朝中甚有威望，曹操对他是既敬重又畏惧。崔琰在朝中的影响力逐渐增大，曹操对他的疑心也就逐渐增强。
表面上看崔琰之死缘于他的一次失言。当初崔琰向曹操举荐钜鹿郡的杨训，曹操因为崔琰的缘故起用了杨训。后来曹操当上魏王之后，杨训上书盛赞曹操的功德。当时的大臣们都认为杨训是个溜须拍马的人，因此崔琰被某些大臣指责举荐人才不当。崔琰于是给杨训写了一封信，其原文为："省表，事佳耳！时乎时乎，会当有变时。"崔琰的本意是指，那么谴责者的批评不符合情理。有人却将崔琰的书信密奏给了曹操，举报崔琰口出怨言有不轨之心。曹操于是让崔琰去劳动改造，并派人去观察崔琰。谁知崔琰被罚后依然神色自若丝毫没有屈服的意思，曹操于是下令道："琰虽见刑，而通宾客，门若市人，对宾客虬须直视，若有所瞋。"曹操的意思是崔琰虽然受到了惩罚，但依旧在私通宾客，崔琰的家门庭若市但他对宾客们却怒目相视心中依旧怀忿不平。于是曹操便下令将崔琰处死。
曹操一生之中杀了不少名士，在这些名士里崔琰是被公认的死得最冤枉的一个。曹操为何会对崔琰下杀手，这个可能和他晚年疑心颇重有很大的缘故。崔琰在朝中受大臣们的敬重，而且曹操本人对他也很忌惮。这就导致了曹操对崔琰造成了很深的怀疑，崔琰之死也可以说是曹操晚年疑心颇重的一个后果。
