1696年（康熙三十五年），噶尔丹进兵昭莫多。昭莫多在今天蒙古国首都乌兰巴托以南地区，中间与内蒙隔着近千公里宽的大漠。噶尔丹认为清廷顾不了那么远的地方，而且如果清军有异动，他正好以逸待劳。他这次带了六万俄罗斯鸟铳兵，胜券在握。
他想错了。这一回康熙皇帝是御驾亲征，非把他灭了不可。康熙皇帝又一次动员十万大军，分左中右三路进军，直接穿越大漠。
与噶尔丹的轻率不同，康熙皇帝为了准备这次战略决战，提前三年在科尔沁和喀尔喀练兵，可以说准备充分，蓄势待发。噶尔丹那边一动身，这边就迎头赶上了。这次参战的东路军是从科尔沁和宁古塔出发的，虽然路程最远，但却最先抵达战场。
噶尔丹万没想到康熙皇帝会御驾亲征，加上情报工作严重滞后，在康熙皇帝大军抵达战场时，噶尔丹才如梦初醒。他事先一点准备也没有，只好丢掉辎重，全力溃逃。于是，昭莫多之战变成了追击战。
