噶尔丹一生中犯的最严重的错误就是没有及时灭了策妄阿拉布坦。他不是不想灭他，而是太轻敌了。策妄阿拉布坦小的时候，他觉得他们兄弟对他威胁不大，没有及时下手杀了他们。在策妄兄弟们成长时，他又过于小气，处处设防，把他们推到自己的对立面上。另一方面他又没有防到点子上，让僧格的老部下老臣子还跟着策妄兄弟们，尤其是僧格最精锐的部队一直都在策妄的麾下。
1688年（康熙二十八年），噶尔丹进攻策妄阿拉布坦，策妄阿拉布坦不敌，带着父亲留给他的5000骑兵和数万部众逃亡。在博尔塔拉河一带，策妄阿拉布坦设伏，一举打败噶尔丹，成功地跳出了噶尔丹的包围圈。从此，策妄阿拉布坦成了噶尔丹的噩梦。
第三，噶尔丹的进军战略太简单，太粗放。噶尔丹是个非常自负的人，第一次进攻喀尔喀蒙古时非常顺利，这给了他一个错觉：清军不堪一击。而且，他是直接翻越杭爱山，沿着蒙古高原的北麓进军。他认为，几百公里宽的蒙古大漠是天然屏障，清廷的军队不可能穿越寸草不生的大漠。噶尔丹打仗，沿用蒙古军队的老办法，就是行军时不携带后勤补给，在战争中用战利品解决。这种方式适用于对手较弱时，而且是速战速决那种。但清朝显然不是这样的对手，噶尔丹轻敌了。
乌兰布通之战是个遭遇战。当噶尔丹已经到达乌珠穆沁时，清廷还没有找到噶尔丹的具体位置。直到一个多月后才得到确切的消息。这是对清廷是个非常不利的局面。但康熙皇帝行动迅速，他在很短的时间里动员了十万大军，兵分两路，分别从古北口和喜峰口出发。 本来康熙皇帝是御驾亲征，但刚出发时就得了疟疾，只好返回北京。
