自成吉思汗（1162年至1227年，1206年至1227年在位）统一蒙古起，短短数十年间蒙古帝国就雄霸欧亚大陆，但自第四任大汗蒙哥（1209年至1259年，1251年至1259年在位）后蒙古帝国就名存实亡。自元太祖忽必烈（1215年至1294年，1260年至1294年在位）以下的元朝皇帝，虽仍兼任蒙古大汗并拥有蒙古本部，但其统治重心已经转移到了中原地区，金帐、伊利、察合台、窝阔台等四大汗国也不再听从号令，与中国历史上的中原王朝已经没有什么两样。
1368年元朝为明朝所灭后，最后一位皇帝元惠宗妥懽帖睦尔（1320年至1370年）逃往蒙古地区建立北元，仍以北元皇帝身份兼任蒙古大汗苟延残喘，但很快就被在与忽必烈的汗位争夺中失败的幼弟阿里不哥后裔也速迭儿于1388年袭杀篡位。北元的灭亡，黄金家族-忽必烈家族失去了在蒙古人中至高无上的地位，大多数蒙古部落脱离黄金家族独立。正可谓"秦失其鹿，天下共逐之"，蒙古各部又回到了争夺蒙古大汗宝座的混战中。
明朝时期，蒙古大体上可以分为三大部落--兀良哈、鞑靼、瓦剌。兀良哈又称兀良哈三卫、朵颜三卫，即明朝册封的泰宁卫、福余卫、朵颜卫，原生活于大兴安岭以东，15世纪中期内迁至明朝北部边境大同、宁远、铁岭一线，后逐渐被鞑靼吸收消失于历史中。鞑靼也称蒙古本部、东部蒙古，1402年鞑靼部首领鬼力赤杀蒙古大汗坤帖木儿自立，由此明朝认为蒙古已灭，改以鞑靼称蒙古本部。瓦剌即西部蒙古，在清代又被成为卡尔梅克人、卫拉特蒙古、厄鲁特蒙古，原生活于今俄罗斯叶尼塞河上游，属于蒙古人两大来源--"草原百姓"、"林中百姓"--中的"林中百姓"，实际上与蒙古本部的"草原百姓"差别很大，属于当匈奴人强大时草原上的民族都是匈奴人、当蒙古人强大时草原上的民族都是蒙古人，通过与黄金家族的世代通婚成为蒙古人中重要的一部分。15世纪初，当蒙古本部陷入纷争、汗位旁落时，首先起来争夺的就是瓦剌。
