俺答汗之后，蒙古又陷入了混乱之中，大汗再次成为各部名义上的领袖。察哈尔部第四任可汗布延（1554年至1604年，1592年至1604年在位）甚至拿出了元朝的传国玺，以证明自己是蒙古的最高统治者，各部一笑了之并不在意。布延之孙林丹汗（1592年至1634年，1604年至1634年在位）继任大汗之后，矢志中兴蒙古，无奈遭遇满清的崛起，被满清击败后不得不西迁，最后死在了青海。1635年，林丹汗之子额哲与母亲苏泰太后奉传国玺降清，漠南蒙古各部向满清大汗皇太极上尊号"博格达彻辰汗"，蒙古大汗之位至此由清朝皇帝兼任，蒙古帝国传承由此断绝，实质上灭亡了。
此后，清朝又先后征服漠北蒙古、漠西蒙古，在漠南蒙古设置察哈尔都统、热河都统、绥远城将军，在漠北蒙古设置乌里雅苏台将军、库伦办事大臣、科布多参赞大臣、阿尔泰办事大臣，在漠西蒙古设置伊犁将军、西宁办事大臣，管辖蒙古各部。
