随后沙俄借剿灭义和团之际，调动18万大军入侵东北，先后占领黑龙江、吉林、盛京，东北全境沦陷，生灵惨遭涂炭。面对列强的入侵，大清除了抗议，却拿俄罗斯无计可施，东北大片的肥沃之地就被沙俄占领了。
这时的日本已经占领了旅顺港，但在以俄罗斯为首的多国干预下，被迫将辽东半岛还给中国，虽然向大清索取了3000万两白银的赎辽费，但是日本推行的大陆政策却遇到了阻碍。为日后的日俄战争埋下了伏笔。
正所谓敌人的敌人就是朋友，当沙俄入侵东北后，正当清朝无计可施之时，日本已无退路，随即出兵东北对俄宣战，这也让大清看到了希望，甚至有人提出联日抗俄，认为可以借日本之手将俄罗斯赶出东北，从而收复东北。但介于清朝政府在这时没有任何话语权，因此被迫选择中立态度。
最终战争的结果是日本战胜了俄罗斯，取得了俄罗斯在东北的权益，大力发展在东北的实力，并以此作为发动侵略全中国的跳板，进一步加深了使中国人民的苦难。
