刘裕自参加北府军后，便从一个低级军官开始亲自上阵杀敌屡立战功，而且从来没有打过一场败仗。隆安三年（公元399年），起义军首领孙恩在会稽（绍兴）起兵反晋，东南各地纷纷响应。晋廷得知此事朝野震荡，遂派大将谢琰、前将军刘牢之前往平叛。
在镇压孙恩起义过程中，刘裕声名鹊起多次以少胜多，最终刘裕击溃孙恩迫使其投海而死。
《宋书·武帝纪上》就记载："高祖常被坚执锐，为士卒先，每战辄摧锋陷阵。"
元兴元年（公元402年），桓玄是大司马桓温之子，因为嫌官小位卑，弃官回到桓氏发迹之地荆州篡晋自立，改国号为楚。此时已是北府军中名将的刘裕随军出征讨伐桓玄，
