在《三国志》中，华佗的被杀就更耐人寻味。曹操患有头痛之症，随着年龄的增大，头痛愈发的剧烈，寻常医生已无良方可医。正在此时，有人推荐华佗神医，称其可治疗曹操的头痛之症。曹操也没有其他选择，只能请来了华佗一试。华佗为曹操诊治之后，很快就用针解决了曹操的头痛问题，曹操受头痛之症困扰已久，如今华佗手到病除，自然让曹操欣喜若狂，更激起了曹操的爱才之心，就留下了华佗常伴左右，曹操每次头痛之时，华佗便施针止痛。
建安208年，曹操在这一年中很忙碌，除了为自己集权，还要为赤壁之战做准备，繁重的公务让他开始力不从心，头痛之症也因此愈加厉害了。他和华佗表达了想要除根的想法，但是华佗拒绝了，他的理由是"病来如山倒，病去如抽丝"，意思这个病得慢慢治，不能急。
其实华佗的说法也无可厚非，慢慢治自然可以，关键是曹操的这个病只有他华佗才能治疗。而在这个关键时期，华佗又称自己的妻子病重，他需要回家陪伴。曹操不是不近人情之人，准了华佗的假。不过，在日后曹操再犯病之时，召回华佗，他却一再推辞，竟然一去不回了。
