首先，动手术则克服不了感染的问题。当时的医疗条件下，华佗所使用的器械"利斧"根本不可能做到无菌，在有菌的条件下进行头部的手术，曹操在手术后肯定会发生颅内感染，由于当时没有有效的广谱抗生素，仅仅一个感染就足可以致曹操于死地。现代医学那么发达，手术后的感染经常发生，稍有不慎就会造成感染不愈合。曹操那时动手术，后果就可想而知了。除非曹操的抵抗能力非常强，否则他是必死无疑。然而曹操当时已经不再强壮了，他的抵抗能力能经得住华佗的折腾吗?
其次，华佗能够顺利地进行脑部手术吗?华佗的确是当时最杰出的神医，但他对人的大脑研究以及是否做过脑科手术，在史书中并无一字记载。按照颅脑的解剖来看，人的大脑不同区域的功能也不同，有分管语言的语言中枢、有记忆中枢、有视觉中枢、味觉中枢。人类认识大脑的解剖只不过是近代的事情。就是现在，大脑斜坡部位仍是手术的相对禁区。按照当时的认识，华佗不可能知道大脑的精细解剖结构。如果真动手术，稍有不慎，曹操就会立即命丧黄泉。
再次，华佗能否对曹操进行急救也是一个问题。开颅手术时要有起码的急救设备，比如心电监护设备，输血补液设施，吸氧设备等，这些起码的设备缺一不可。一旦血压下降或者是心跳骤停，在这些起码的急救条件不具备的情况下，曹操开颅就会凶多吉少。
