被关进牢狱以后，华佗知道曹操不会放过他的，于是抑制住悲愤的心情，逐字逐句地整理他的三卷医学著作-《青囊经》，希望把自己的医术流传下去。这三卷著作整理好以后，华佗把它交给牢头，牢头不敢接受。在极度失望之下，华佗把它掷在火盆里烧掉。牢头这时候才觉得可惜，慌忙去抢，只抢出一卷，据说这一卷是关于医治兽病的记载。华佗没有留下专门著作。这是我国医学的一个重大损失。
但是，华佗之死责任果真全在曹操吗?华佗真的没有任何过失吗?
《三国演义》中有一节"治风疾神医身死，传遗命奸雄数终"，描写了华佗被曹操杀害的情形。《三国演义》虽然是文学作品，其中有着大量的虚构成分，但是，华佗因为要给曹操"开颅医病"而被曹操杀害确是不争的历史事实。受《三国演义》的影响，今天的许多史学家大都认为，华佗不仅医术高明，而且医德高尚，时刻心系天下百姓的疾苦，不肯服侍权贵。华佗真是这样一个人吗?
在中国古代社会里，"万般皆下品，唯有读书高"和"学而优则仕"是众多读书人的信条。华佗所生活的东汉末期，社会上读书做官的热潮已经达到顶点，公卿大多数是熟悉经术者，汉顺帝时太学生多达3万人，学儒读经成为社会风尚，而医药技术虽为上至帝王、下至百姓所需，但却为士大夫所轻视，医生的社会地位不高。
