二月中，刘抱病觐见朱元璋，婉转的向他禀告胡惟庸带着御医来探病，以及服食御医所开的药之后更加不适的情形。
朱听了之后，只是轻描淡写的说了一些要他宽心养病的安慰话，这使刘基相当的心寒。三月下旬，已经无法自由活动的刘伯温，由儿子刘琏陪伴，在朱的特遣人员的护送下，自京师动身返乡。
回家后，拒绝亲人和乡里为他找来的一切药石，只是尽可能的维持正常的饮食。
几天之后，刘自知来日无多，找来两个儿子交代后事。然后让刘琏从书房拿来一本天文书，对他说："我死后你要立刻将这本书呈给皇上，一点都不耽误；从此以后不要让我们刘家的子孙学习这门学问。"又说了些要皇上待民以宽，施德政之类的话。从上面叙述可见，朱和刘不是推心置腹亲密无间的君臣关系，朱对刘的病乃至死是冷漠的有心理准备的，或许有一种不为所用留之何用的心理吧。
事后看来，朱想的是拆撤丞相职位加强中央集权，而刘想的是自己能带领群臣推行自己法治德政，政见分歧或许是二人分道扬镳的根本原因吧。
