与此同时朱元璋开始在全国范围内广泛推行卫所制度，这种制度似乎与北周时期初创，隋唐时期盛行的府兵制大有相似之处。将军队作为一个单位，调防到全国各地重要防区，并且是携家带口地前往布防。
《明史》载："大率以五千六百人为一卫，以千一百二十人为千户所，以百十有二人为百户所。设总旗二，小旗十，则大小联比以成军。其取兵者，有从征，有归附，有谪发"
这些卫所军人有他们自己的特殊军籍，家人也都一样，他们到了戍防地区之后政府会安排他们一块可耕地，作为日产生活资料的来源，并且免除租税。
由此，卫所实际上成为了明朝最为基本的军事单位，在北方地区分布着大量的卫所，这些都是肩负着防御蒙元的军事力量。
而当明英宗即位之后，一场对明帝国造成致命打击的军事失败，成为了明朝走向灭亡的潜在推动力，这就是土木之变。
