李鸿章硬着头皮给了戈登钱，但戈登非但不领情还次次跟李鸿章吹鼻子瞪眼睛。有一次，李鸿章私自杀了投降清政府的太平天国军，引起了戈登的大怒，两个人近乎决裂。
因为戈登这个人非常讲究诚信，当时他用帝国主义的名义保证不会杀害投降清廷的太平军俘虏，但是李鸿章却私自处决了这些太平军，使得二人的关系大大破裂。最后还是在一个亲王又说和李鸿章的八万英镑的诱惑下，此事才不了了之。
1864年，太平天国运动被镇压后，洋枪队解散，戈登也即将回国。临走之前，戈登给李鸿章留下了一封信，信中写道：在中国这几年，也让我对中国产生了些许感情，我看大清帝国，百姓贫困，国家衰破，自己的内心也是非常的焦急，我在此给大清帝国留下一些建议，希望可以帮助到大清。建议如下：
一、与外国议约，须多用文字，少用口头之约；
