到东晋末年，东晋来了次回光返照，当时北方北魏尚未统一，盘踞在关中的后秦与盘踞在山东的南燕已现颓势，而东晋在战火中磨练出一支精锐的北府兵，在主帅刘裕的带领下，晋军先灭南燕，再灭后秦，顺带还砍了一波试探的北魏。
可惜刘裕年纪大了，儿子又小（长子也才十岁左右），做不了曹操，只好自己当曹丕，刚打下长安不久，他就回东晋准备篡位去了，长安不久即被胡夏攻占，东晋北伐，竟为他人做嫁衣。
420年，刘裕代晋，建立宋朝，南朝开始，宋齐梁陈相继登场。439年，北魏统一北方，北朝开始，北魏后来分裂成东魏和西魏，二者分别被北齐和北周取代。
南北朝持续了一百五十多年，整体情况是北强南弱，南朝宋开局时疆域不仅包括南方，还据有河南山东等地，到了南朝陈收尾时，长江成了界河，蜀地也已经易主，比之东吴还不如。
另一边，北朝已经孕育出了统一的霸主，北周先灭北齐，随后被隋朝取代，隋朝再灭南朝陈，完成统一，然后二十几年后灭亡，模式跟西晋非常相似。
总的来说，魏晋南北朝是我国步入中央集权制社会后最长的分裂时期，中间只有西晋统一了三十来年，长久分裂造成连年不决的战争，加上民族冲突与天灾影响，屠杀、瘟疫和饥荒肆虐，魏晋南北朝可以说是我国历史上最为黑暗的一页。
