之后翁同龢成为了帝师，成为皇帝身边最信任的人之一，翁同龢一心想将李鸿章置于死地。李鸿章组建北洋水师，这是关系大清命运的重要举措之一，都知道这需要大量银子的。而之后翁同龢成为户部尚书，掌管全国财政，他在北洋海军的建设上处处掣肘，本来北洋海军拥有世界上最强大的舰队，无论各方面在亚洲都是最先进的，当年日本首相伊藤博文登上中国战舰，看到北洋海军如此威武，沉默不语，后来十年之后，由于翁同龢的处处掣肘，北洋海军竟然没有再添置一艘战舰和武器，李鸿章每次打报告向户部要钱，结果都被掌管户部的翁同龢一一拒绝。若真是财政困难也无可厚非，不给北洋水师拨款，但是慈禧太后颐和园的工程，户部的银子供应却从未断过。
当时北洋舰队的海军顾问德国工程师汉纳根，早在甲午战争两年前就建议李鸿章购买德国可虏伯厂制造的大开花弹，以供战舰上的大炮使用。李鸿章已经同意军队要购买这批开花弹，最后却没有实行，原因同样是翁同龢不给钱，说是没用浪费钱。后来北洋水师预订下来的高速巡洋舰因朝廷拨款迟迟下不来，也被日本人抢先购买走了（就是甲午海战中日本主力战舰吉野号）！而日本经历明治维新之后，全国军民上下一心，很快就赶上了北洋海军。
中日甲午战争爆发前夕，李鸿章深知北洋水师和日本海军的差距，主张避战。而翁同龢却带着他的同党在慈禧面前说北洋海军不能白养活，要拉出去打一仗，看看北洋水师战力怎么样。后来甲午战争失败，北洋海军全军覆灭，李鸿章成了国人痛骂的对象，翁同龢却暗自窃喜。在北洋海军与日军硬着头皮打仗的时候，翁同龢还在为慈禧的寿辰花大价钱购买南洋红木。
1895年4月17日，李鸿章在《马关条约》最终签下了自己的名字，"七十老翁，蒙汉奸之恶名，几有求生不得，求死不能之势"。纵观李鸿章的一生，何曾遭受过此等奇耻大辱，签完条约，他当即发誓：终生不在踏上日本领土一步，后来在李鸿章周游列国，返回中国时，要在日本横滨换船。
