随着曾国藩、李鸿章等人组建的湘军崛起，太平天国逐渐从无往不利的境地中转向被动。"天京事变"过后，太平天国内部信仰崩塌，越来越多的信徒对洪秀全离心离德。1864年洪秀全病逝，曾国藩率湘军攻占天京，自此轰轰烈烈的太平天国运动宣告破产。
虽说南京已被夺回，但还有不少在外作战的太平军没有被剿灭。这些太平天国遗民心知肚明，今时今日中原已无容身之所，一旦投降等待他们的命运只有上刑场。这些太平军残部四处流窜，先是逃往山东，随后又转向湖南，投入到了捻军之中。
由于捻军势力相对分散，所以平定捻军之乱足足用了清军数年的时间。
解放以后，湖南省滨州市万岩镇的居民发现了一座天然洞穴，洞穴内部交错纵横，别有洞天。这座洞穴的内部足可容纳数千人，此外洞穴里还有不少人为修建的防御工事以及生活痕迹。在洞穴的一处墙壁上，人们发现一支太平天国残部驻扎于此的记载。
