总体来说，上帝教的主要谬误有以下几条。
其一，反对基督教基本教义之一"三位一体论"。所谓"三位一体论"，即相信圣父、圣子、圣灵三个不同的位格为同一本体、同一本质、同一属性，是同一位上帝。因为上帝是独一真神，所以子是父的化身和彰显，灵是父子的实际和实化。神在不同的情况下有着不同的形态，正如水有固态，液态和气态一样。
上帝教则认为上帝的三个位格是相互独立的，耶稣基督是上帝的长子，处于次尊地位；圣灵是上帝的第四个儿子东王杨秀清。洪秀全为此在《钦定旧遗诏圣书》中摆事实，讲道理，"尔偏误解基督即上帝，上天合为一，缘何大辞之前，太兄来（未）生得见上主语太兄乎？又缘何朕上天时，将（得）见天上有天父上帝、天母老妈？又有太兄基督，天上大嫂？今下凡，又有天父、天母、天兄、天嫂乎？钦此。"
其二，坚持人神同形论，与否认三位一体论相配套。在基督教理论中，上帝只是一个灵，并没有具体的形象，然而洪秀全坚持认为自己做梦时见过上帝，上帝的打扮很酷炫，"金须拖在腹，头戴高边帽，身穿黑龙袍，其坐装两手覆在膝"。
