史料上曾记载张献忠将四川的文人全部召集后，将文人全部杀光，不过史料中也记载，张献忠死后不到五年，四川就举行过大型的科举考试，当时四川的三十个县的考生都参加了考试。若是张献忠真的杀光文人的话，那么如何能够在不到五年的时间内又出一批文人，即便清廷颁布的"湖广填川"也是他死后四十多年的事情了，所以在这件事上有着不小的争议。
有一种说法认为是清廷和一些文人都指控张献忠在四川进行过屠杀，但那些文人难保是为了讨好清朝统治者，再者张献忠对于文人来说，确实就是大明朝的贼寇，他们夸大张献忠的罪行也是有可能的。
另外，若是张献忠真的屠杀了大部分的四川百姓后，那么他当时占据成都，控制四川的大部分地区，是谁帮助他种地经商运输货物的，还有控制地区的士兵是哪里来的呢？若是四川真的剩下九万人的话，张献忠死后，清军才攻破了重庆，花了十三年的时间才占领了整个四川，区区数万人是如何抵得过满清大军的。四川人数锐减确实是不争的事实，但说是张献忠一人造成的话，那就有失偏颇了，很有可能是四川百姓在拼死抵抗满清军队的进攻过程中，四川伤亡惨重。
