献帝建安十六年（公元211年），曹仁奉命调往关中地区，与西北悍将马超进行较量。《三国志?曹仁传》载："太祖讨马超，以仁行安西将军，督诸将拒潼关，破超渭南。苏伯、田银反，以仁行骁骑将军，都督七军讨银等，破之。"曹仁不仅完成了击败马超的任务，此后又在回到中原之时歼灭了作乱的苏伯和田银。
说到曹仁军事生涯中最为辉煌的一战，就不得不说说发生在献帝建安二十九年（公元219年）的襄樊之战。面对蜀汉名将关羽的猛烈进攻及于禁所率七军被歼的不利局面，曹仁"激厉将士，示以必死，将士感之皆无二"，终于守住了樊城，为后来曹操调集主力进行的大反攻创造了有利条件。此后，曹仁又成为曹魏在荆州地区的最高军政长官。曹丕称帝后，又将荆州、扬州的军事指挥权交给曹仁，并先后任命曹仁为车骑将军、大将军、大司马等职。至此，曹仁也成了曹魏帝国的最高军事长官，而曹仁的军事生涯也进入了第三阶段。
