若从郑和时代算起，可以发现我国对该岛实际控制和管理了200年左右，之后荷兰人侵占了该岛，并且执行了一系列的去汉化措施，强化其殖民统治。"安不纳岛"也被改名为"安波纳岛"，后来又将其改为"纳土纳岛"。
1601年，荷兰殖民者占领了爪哇和雅加达等地，建立东印度总部，纳土纳群岛也在其殖民地中，到1942年时，日本海军在望加锡海峡打败美、澳、荷海空联军统治了印尼，纳土纳群岛，又为日本所占领，后来日本战败，荷兰又想重回东南亚搞殖民统治，但东南亚诸国不答应，荷兰就将纳土纳群岛交给了印尼。
纳土纳群岛上原住民本以曾氏居多，直到解放后，一些曾氏后裔仍保留着一块扑克牌大小的雕刻得非常精致的象牙胸牌，上面有"万生屿，安不纳"、"宣宗癸丑年"等字样，中间是一立体岛屿，中下部是水纹，另一面则刻着从沅芳公沅字辈开始的20个家谱老派字，这个胸牌保留着郑和下西洋之后的数百年间我国在纳土纳群岛上的一代代居民驻岛留守的生活痕迹。
另外还有一段时期必须得交代一下，就是在荷兰殖民者占领纳土纳群岛之前，我国广东潮州人张杰绪曾经在纳土纳群岛上建立过一个王国，并且自任国王，以南华公司的名义在南阳各岛屿间做生意。
1935年，我国将纳土纳群岛定名为安波那暗礁，1947年后又定名安波沙洲，上世纪80年代时，纳土纳群岛上大约有2万人，华人占八成以上，如今仍然占着一半以上的比例份额，据新加坡媒体过去的报道，这一群岛上的华人一直希望独立建国，但一直被印尼武力惮压。近几十年来这里被探测到巨量的油气资源，印尼国家石油公司与美国艾克森石油公司合作，在纳土纳岛上开采石油与天然气。
