由此看来，他的目的，无非是想借此逼崇祯为他加官进爵，巧取豪夺。而此时，吴三桂早已三月七日奉旨率军救驾，三月十日放弃宁远，三月十六日到达山海关。三月十八日，吴三桂出兵救援京畿。岂料，北京城早已被鼠疫吞噬。据台湾著名明史专家邱仲麟的估算，自鼠疫始至李自成攻破北京，约二十万人殒命，占当时北京总人口的1/5到1/4。在这样的情况下，驻守京师的明朝军队自然无法幸免。当时驻守京师的军队有十万人，大疫过后，仅剩下五万人。加之明军本就腐败涣散，溃不成军，城门不攻自破。只是，李自成和吴三桂不知道城内鼠疫如此严重，大顺军就这样轻而易举地夺下了这座都城。
至于崇祯皇帝，则由始至终认为，李自成军即使逼近北京城，吴三桂的军队不日即到。一旦闯军攻城，崇祯所需要做的，也不过是派兵守出城门。不过个把月时间，各地勤王兵马将同吴三桂会师，京师即刻转危为安。但是，崇祯却被庸臣宦官蒙蔽了双眼。他不知道宫墙之外，早已鸡犬不宁，瘟疫横行。他仍天真的以为，自己的京城足够坚固，能够守住，而不必迁都。直到大顺军破城而入之际，他也还是以为是京师战败，失去了从容出逃的时机，最终不得不悲痛欲绝地选择自缢于煤山槐树下。他不知道的是，这一次守城的失败，是因为鼠疫。
天灾人祸，祸不单行。明末京师大鼠疫，不仅仅是气候灾害的衍生，更是从明王朝这条迂腐、将死的大虫之中，滋生繁衍而来。它是官场腐化、制度腐朽的产物，吸取着黎明百姓的钱财、生命作为滋养的"精华"，深刻地改变了社会秩序、人口结构、政治格局和人文环境。
