1898年农历四月二十七日，正好是翁同龢生日，荣禄、刚毅借这一天上奏弹劾，以此羞辱翁同龢。
此外，还有说法是翁同龢平时结怨过多，被人挤兑；也有说法是翁同龢自己要求走人，甲午之战后，翁同龢看到许多人将失败的原因推向他，他就已经想辞官归故里。还有研究者认为，翁同龢过于稳重，而康有为比较激进，光绪倾向于康有为，于是，"不去此老，变法难以深入"。
综合以上种种说法，造成翁同龢开缺的直接原因，还是取决于慈禧与光绪的态度，而在此二人中，慈禧的态度又是最为重要的。因为以翁同龢当时的地位而言，即使光绪想要开缺他，没有慈禧的点头也是行不通的。自甲午以来，慈禧对翁同龢就开始不满，加上其他人的推波助澜，终于忍不住对其出手。
翁同龢的离开，是维新派的一个重大损失。康有为将自己与翁同龢比作汉代的韩信与萧何，看到翁同龢被开缺，心灰意冷，甚至一度对维新变法失去信心，准备南归。翁同龢得知后，亲自前往粤东会馆，劝其留下，继续辅助光绪。
