太平军向老百姓灌输教义，首先采用的是宣讲的方式，其次是严酷的刑罚，这是在宣讲无效的情况下使用的。强行灌输教义地区仅限南京城，其它的城乡并未发现记载。这样做的目的是辅助洪建立新朝。
太平军在攻打南京之前，很多富人都纷纷逃亡，还有一些富户在听到清军的宣传后，把太平天国视为洪水猛兽，自杀、投河的也很多。南京被攻陷后，城中的清朝官员，满足百姓，知识分子等统统被杀头。
城中当时有不少天主教徒，他们并不愿意接受洪秀全的礼拜仪式，也不承认洪这个上帝之子。这些天主教徒的财产全部被充公，有上百人在冲突中丧生。剩下不愿接受新教义的被充军，后全部投降清军。
洪秀全定都南京后，全盘否定了百姓的传统文化与习俗，对继续读四书五经的人都杀无赦，将收缴的四书五经全部焚毁。读书人全被送到军营中做文书，规定所有人不能私藏孔孟经书，违者格杀勿论。
