后来刘备在汝南被曹操的主力击败，汝南也被曹营大将满宠攻破，无奈之下只能进入荆州投奔刘表。刘表虽然和刘备一样是汉室宗亲，但刘表并没有把刘备当做自己人，而是安顿刘备在新野城，目的就是让刘备守住荆州的北大门。刘备在荆州寄人篱下，自己也只有练兵的份，手上的兵马不过2万人而且又是步兵居多，自然合适赵云的职务。
中期延续护卫一职
后来经过赤壁之战，战败的曹操无力经营荆州只能逃回北方，荆州也变成了无主之地，由获胜方刘备、孙权瓜分。因为诸葛亮看得更远动作更快，战争结束之后快人一步夺下荆州最重要的城市南郡，并以这里为据点拿下荆南四郡，彻底把荆州变成了刘备的基业。因为此前刘表比较昏聩，大量有能力有军工的荆州将士因为没有家庭背景得不到重用，刘备特意提拔能力最强的魏延、黄忠、向朗等荆州名将，并为他们扩军。而且刘备已经成为了一方诸侯需要有自己的亲兵护卫，赵云当仁不让出任这一职务。
赵云的职责就是保护刘备一家人的安全，刘备进军益州之后让全家人安置在公安城，赵云因此留守益州。当时吴主孙权心思非常活络，趁着刘备不在，特意让自己的妹妹孙夫人抱着阿斗到江东，想要以此打乱刘备进军益州的计划，必要时还可以控制刘备。赵云得知孙夫人抱走阿斗后果断派人通知张飞，自己单枪匹马先拦下孙夫人，最后在张飞带来的军队强势威压下终于抱回阿斗。
当刘备成功拿下益州之后，此时他的实际上已经是西南霸主，三分天下格局基本确定。这时候他已经把治所搬到了成都，真正贯彻诸葛亮的发展计划。益州因为被刘焉父子统治了很长时间而且很少遭遇战乱，这个地区士族林立，对刘备政权的戒备心很强。为考虑益州的安全，刘备特意命赵云带着中护军驻扎在成都，自己则带着大部队北上和曹操开启汉中之战。在刘巴、许靖等益州官员策划下，赵云带着中护军处理了一批不安分的士族，又一次错过了汉中之战。
