康熙四年二月，在礼部的审理后，汤若望和杜如预、杨宏量、李祖白、宋可成、宋发、朱光显、刘有泰，依然维持了凌迟处死的原判决。
最后，在孝庄太皇太后和显亲王富绶的求情下，汤若望等人被改判为流放。7月，汤若望被遣送到广东。康熙五年，汤若望病死，汤若望和他建立起来的历法团队彻底被清洗干净。
毫无疑问，康熙三年四年时，康熙皇帝还是一个十多岁的少年，还没能亲政，清王朝的大掌握在鳌拜等四大辅政大臣手中。
直到康熙六年索尼去世，鳌拜才开始掌握大权，到康熙八年鳌拜就被除掉。可见，并不能锁处理汤若望的决定是鳌拜一个人干的，而是四大臣和老孝庄小康熙一起干的。
