程学启关键时刻叛降，安庆北门防务出现了问题，城外30余座营垒相继被湘军贡献，而带头冲锋的就是程学启，着实坑了叶芸来一把。此时，若是叶芸来撤围而出，估计可以活命。但是，英王陈玉成决定捍卫地盘，他让叶芸来在菱湖南岸扎营，与自己北岸营垒呼应，将粮草、武器等运入城内，继续抵抗。然而，陈玉成关键时刻掉链子，自己跑去桐城联系洪仁玕、林绍璋，菱湖北岸大营没了统帅坐镇，乱成一锅粥。陈玉成离开不到一个月，湘军全部踏平菱湖南北岸营垒，集贤关外赤岗岭大营也一同被摧毁。如此，叶芸来彻底被困在城内，完全与外界断了联系，安庆陷落不可避免。1861年9月，叛将程学启将北门防务情况告知湘军，并献上"穴地攻城"之计，指导湘军挖掘地道，在城北薄弱处爆破。
挖好地道后，湘军埋下万余斤炸药，并设置好引线。9月5日凌晨，湘军开始爆破，城北被炸开数十丈宽大洞，叛将程学启率敢死队从炮眼处攻入城内，逢人便杀，以泄私愤。叶芸来呢？拒绝投降，率16000兵马与湘军进行巷战，最后全部阵亡，堪称壮烈。《天国志》载："湘军穴地攻城，芸来、定彩以下万六千人皆殉国；芸来坚韧忠贞，不亚林启荣，将饥卒，守孤城，好整以暇，数载不为屈降，城在人在，城破身殉，为臣为将，其尽职也至矣。"可知，叶芸来也是条汉子。
参考书目：《太平天国战争全史》、《天国志》
