在施琅消灭明郑之后，清廷便开始将之前西南、西北等地区对少数民族的控制方式，直接移植到台湾。这些举措虽然在经历了元明两代几百年的实践，可以说极为的成熟，但是被清朝官员直接移植到台湾后，却出现了严重的水土不服。首先台湾地区的原住民，并没有大西南和西北地区，那些少数民族那样数千年和中原汉民族的相互之间的文化影响，同时台湾地区的原住民，在社会结构上，也远远要比大陆少数民族落后的多。
▲台湾原住民在文化上，和大陆民族之间差异极大
这种差异所导致的一个严重问题，那便是清朝官员在台湾地区，对原住民所进行的同化措施，往往会遭到台湾原住民极大的抵触。而本身清朝官员虽然不会像之前荷兰和明郑那样，非常主动的去干涉原住民的事务，但却依然会收取大量的赋税。这对于生产和社会都很落后的原住民来说，无疑是非常巨大的负担，同时清朝官员的懒政，也为原住民村社之间的联系并最终结成巨大的反清势力，提供了有利的条件。
