▲荷兰人在台湾的统治中枢热兰遮城
本身三方别扭的关系，可以说就已经成为当地动乱的导火索。但是康熙二十二年，施琅对台湾的征服，实际上就加剧了台湾地区紧张的关系。由于清廷的有意纵容，在施琅消灭明郑政权后，当时攻台将领以及施琅本人，纷纷在台湾大量圈占当时已经开垦的土地。其中最有名的，莫过于施琅及其后代的"施侯大租"，其所占耕田，几乎达到了当时台南所有耕地的一半。而这些强占土地的行为，不仅得到了当时清廷纵容，甚至许多地租，本身就是由当地清朝衙门代收。同时在施琅管理台湾时，所颁布的渡台禁令，也让台湾地区男女比例严重失调，大量无地且无望成家的"罗汉脚"，成为了巨大的不稳定因素。
▲施侯大租
与此同时，伴随着清朝将台湾并入福建管辖之下，这无疑也为福建等沿海地区的移民前往台湾，大开方便之门。除了在康熙时期将明郑大量原来军垦官兵移往大陆，并实行渡台禁令外，其他时期大量的移民涌入，一方面加大了原本就因为施侯大租等，一系列清朝权贵们所造成的人地矛盾。另一方面，由于台湾地区的清朝当局无论是驻军还是管理力量都较弱，因此也无力对台湾地区的民众进行强有力的控制，因而导致台湾地区出现了大量结社，其中最为著名的，莫过于大名鼎鼎的天地会。虽然天地会在福建成立，但实际上一直到林爽文起义失败之前，其总舵一直都是在清朝力量相对薄弱的台湾。这些结社极大的吸引了大量无地流民的加入，从而在民间结成了强大的反对力量。这无疑让台湾地区的局势，更加复杂和危险。
