司马迁是汉武帝的臣子，所以在写史书的时候不得不避尊者讳，在一定程度上是以汉武帝这支作为正统。由于汉景帝、汉武帝都是汉文帝的后代，所以汉惠帝则成了一个尴尬的存在。如果他的皇位具有绝对合法性，按理说就应该由他的儿孙来继承大统，而轮不到汉文帝这一支。所以，司马迁干脆不把他当成正统皇帝去写，而把这个本纪给了吕太后。
《吕太后本纪》的存在，直接指出汉惠帝从未真正掌权，吕后才是王朝的实际掌控者。而吕后姓吕不姓刘，加之牝鸡司晨，女主天下，所以不具备正统性，即便给她立了本纪，也无伤大雅，反而可以揭露她的恶行。
综上，汉惠帝虽然是大汉王朝的正统皇帝，司马迁在《史记》中却特意不给他立本纪，是有诸多原因的，是深思熟虑后的小心机。
参考资料：《史记》
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