左宗棠这次的借款对他的一生影响很大，后来成了一些人攻击他的把柄，左宗棠此次西征确实军费浩繁，有人测算过左宗棠仅军费一项就高达每年1200多万两，显然，左宗棠原先的预测过于乐观，费用超出预算，也很正常，毕竟打仗算不准具体要花多少钱。可是左宗棠向汇丰银行等的借款利息有点高，这6笔借款的年息普遍在10%以上，最高达18%。
除了利息高，还有折扣，所谓折扣，就是借款银行的费用，相当于手续费，当时的各国银行向中国借款通常是九三折甚至更低，也就是说，左宗棠向汇丰银行借款100万两，拿到手的只有93万左右，原本预算平叛新疆的军费是1000万，如今各种支出加在一起近2000万，足翻了一番。朝廷中有些人看不下去了，指责左宗棠有侵吞军费之嫌，后来朝廷让两江总督曾国荃去查办此事。
曾国荃没有查到其他的证据，他只是象征性地调查了一下，最后上报朝廷说是"因公支用，非等侵吞"，朝廷对这个报告不满意，又派人去查，这件事一直没完没了，一直到左宗棠死后，他的部下还被调查，首富胡雪岩也因为此事受到牵连，最后胡雪岩倾家荡产，郁郁而终。
收复新疆是一件有功于社稷的千秋伟业，所幸的是左宗棠打赢了，要不然左宗棠必受严惩。到底是左宗棠与胡雪岩中饱私囊，还是不了解外国借款的规则被人坑了，还是受人冤枉，被故意打压，一直无法考证，左宗棠一直认为自己是冤枉的，也正是为了此事，他与李鸿章的关系是彻底的决裂了。
