1864年（清同治三年）新疆各族人民发动大规模反清叛乱，叛乱遍及天山南北，但各支反清势力的领导权皆为阿訇、和卓、伯克和清朝地方官吏等上层人士掌握，他们为争夺领导权，互相攻杀，形成若干地方割据势力，占据南疆喀什噶尔城的克伯克向中亚伊斯兰教汗国浩罕求援，1865年春，浩罕军事头目阿古柏进入南疆，并乘机占领了新疆大部分的地区。
阿古柏
对于新疆这片广袤土地的去留问题，清廷内部也出现了弃与保之争，以左忠棠为主的大臣赞成收复新疆，而李鸿章主张放弃新疆，两派争论的焦点，是"海防与塞防之争"，以李鸿章为代表的海防派认为海疆防务才是最重要的，主张放弃塞防，将有关费用补为海防之用，主战派以左宗棠最为坚决，他不赞成李鸿章的理论，强烈建议朝廷速派兵，收复新疆国土。
李鸿章等却认为新疆距离中原比较远，土地贫瘠，管理成本高，得不偿失，再加上这个时候，新疆与沙俄、英属印度毗邻，难固守，与其这样还不如放弃这片不毛之地，加强东南沿海的防御，左宗棠认为海防与塞防同样重要，新疆不保，蒙古就不得安定，陕西、山西等也面临威胁，新疆物产富饶，对于李鸿章的加强东南海防的经费投入问题，左宗棠认为沿海的舰船和炮台已经初具规模，下面主要任务就是军事训练，所需要的花费不大，后来，清政府认识到收复新疆的意义重大，决定西征收复新疆。
