2008年的国际性经济危机和2010年的旱灾再度来临使得阿富汗经济一度愈挫，但此时执政的美国民主党奥巴马当局却加大了阿富汗的投入，新的投入主要在军事方面，美军在阿富汗的驻军数量迅速增加，并于2011年达到峰值（10万人），新投入的军力在阿富汗偏远山区进行不间断的清剿、驻扎与巡逻，并取得了显著的成效：许多与塔利班长期争夺的南方农村乡镇和山区据点被夺回，基地组织最高领导人本拉登和塔利班最高领导人曼苏尔被击毙（曼苏尔在阿塔前任领袖奥马尔病死后接替他的位置）。由于安全局势趋于稳定和该时期旱灾时长较短，2009-2014年间阿富汗的经济发展状况也较为良好。2014年底，美国宣布自2001年开始的“持久自由”行动结束，北约部队将地面战的重任转交给阿富汗国民军，转而以空中支援为主。据美国布朗大学的统计，在2001年至2014年底的阿富汗战争前两个阶段中，共有30367名联军士兵（23470名阿富汗国民军、2357名美军、1139名美国盟友士兵、3401名雇佣兵）和约35000名塔利班武装人员丧生。
第三阶段：阿富汗国民军主导下的清剿作战
2014年后，阿富汗局势急转直下。当年也是反恐战争阿富汗遭遇自杀攻击死亡最多的一年，同时北约联军开始逐步脱离阿富汗战事，将打击塔利班的任务交给了阿富汗国民军，阿富汗国民军开始在联军的空中掩护下与塔利班作战。阿富汗国民军在战场上的表现几乎是全面失败的，他们装备低劣、腐败严重、士气低落，北约联军费尽心力夺取的偏远地区在很短的时间内被塔利班陆续攻占，甚至一些县城也被夺取了。2015年夏，塔利班开始了对阿富汗省会城市昆都士的攻坚作战，但事实证明塔利班武装既没有足够的兵力发动大规模攻坚，也没有重型火炮等重武器。在2015年的昆都士之战中，1500名塔利班武装虽然短暂地夺取了昆都士市，但在伴随北约空中支援的7000名阿富汗国民军的反击下未能守住。昆都士的战斗也迟滞了美军的撤军速度，时任总统奥巴马表示，“美国将停止从阿富汗撤军，阿富汗剩下的数千名美军士兵将一直留守到2017年任期结束时”。除了2015年的昆都士之战，接下来2018年的加兹尼之战和法拉之战也是同样的结果，塔利班武装无法直接攻克戒备森严的大中型城市，但他们成功的夺取了许多喀布尔当局力量薄弱的县城，并用夺取的农村地区对一些远离喀布尔政治中心的城市进行包围，同时塔利班武装也对连接这些飞地与喀布尔中心的交通线进行骚扰与伏击。
塔利班武装的围困战术取得了明显的效果，阿富汗政府陷入了全面的战略防御，阿富汗国民军的精锐部队“突击队”以及阿富汗特种部队被派遣到各个战况危急的城市担任“救火队员”的角色，尽管他们能够击退对城市的攻势，但对于塔利班在农村地区的进展无能为力，可以说，到了2018年以后，阿富汗国民军已经根本无法进行主动出击阿塔根据地的清剿作战，只能采取守势或在一些重点地区与塔利班拉锯。阿富汗当局内部也问题严重，地方上的实力派严重军阀化，不服从中央的管制，中央政府腐败无能，其在2015年以后进行的经济建设十分糟糕，GDP增长速度很低，2020年的疫情对于阿富汗经济来说更是雪上加霜，恶化的经济社会状况使得越来越多对当局不满的人加入了塔利班武装。
在此期间，值得一提的是，极端恐怖组织“伊斯兰国”（ISIL）随着阿政府的衰落兴起，阿富汗政府对于ISIL恐怖组织的清剿行动收效甚微，但塔利班却在对ISIL的作战中取得极大进展。2018年间，塔利班攻下了ISIL在阿富汗北方的主要根据地达尔扎布地区，基本上消灭了阿富汗北方的ISIL势力，一定程度上遏制了伊斯兰极端思想在阿富汗北部的蔓延。
