由于塔利班长期以来的严苛统治，阿富汗许多地方的部族视美英入侵为反抗塔利班的绝佳机会，他们在塔利班控制区内发动了广泛的大规模起义，这些起义严重打乱了塔利班的防御计划，同时，塔利班军队中数量众多的巴基斯坦志愿兵纷纷回国也严重削弱了它的战斗力，上述各种因素累积之下，塔利班的军事力量在地面战中也几乎没有进行有组织的抵抗，最终第一大城市喀布尔和许多省会城市在兵不血刃的情况下落入北方联盟之手。
入侵阶段唯一激烈的地面战斗发生在阿富汗北方重镇昆都士，11月11日，来不及撤退的塔利班正规军北方军团约1.3万人被围困在昆都士城，经过11天的轰炸与血战以后，除了其中的5000名巴基斯坦志愿兵被允许离开外，剩余的塔利班军队最终全军覆没，其中约2000人阵亡，2500人负伤，3500人被俘或投降。随着昆都士战役中塔利班唯一有战斗能力的正规军队覆灭，阿富汗的正规作战结束了，12月7日，联军在没有抵抗的情况下占领了当时的首都坎大哈市，至此阿富汗所有主要城市均被联军占领，地面入侵阶段结束。
第二阶段：北约联军主导下的清剿作战
在北方联盟完成对阿富汗主要城市的控制后，阿富汗南方许多偏远的山区地带仍然处于塔利班和基地组织的控制之下，而且从毒品、矿产和税收方面有数以亿计的财政进项。尽管在喀布尔成立了卡尔扎尼领导下的阿富汗伊斯兰共和国，但局势仍然不稳定。2001年12月，在联合国的授权下，帮助喀布尔新政权维持秩序的“国际安全援助部队”（ISAF）成立，部队成员包括以北约国家为主的18个国家的军事力量。
ISAF的成立初衷是为了帮助新政权维持重要城市的治安，但最初成立的阿富汗国民军的孱弱使其不得不亲自下场进行清剿作战，喀布尔政权建立后的几年里，联军通过托拉波拉谷地战役、巨蟒行动等一系列清剿战役几乎摧毁了基地组织，此后尽管塔利班依然存在，但阿富汗的基地组织日渐式微。
战争是政治的延续，想要了解新政权成立后的阿富汗军政状况离不开理解这个国家的经济基础。阿富汗是一个以农业为主的国家，由于技术的匮乏，农业的发展很大程度上受天气的影响。历史上，自塔利班政权从1996年执政以来，阿富汗便受到持续数年的旱灾困扰（阿富汗每9-11年就会遭遇时长达3-5年的旱季），旱灾所造成的农业困境也是塔利班执政期间经济失败的重要原因。2001年末卡尔扎尼领导下的新政权成立时期正逢这场旱季的结束，阿富汗国内农业得到复苏的机会，同时，得益于2008年次贷危机之前全球经济持续性的繁荣增长，以发达经济体为主导的国际货币基金组织能够给予阿富汗充裕的贷款与援助资金，在内外良好因素的共同促进之下，阿富汗经济在新政权成立的前六年里快速增长，平均每年在8%左右，因此新政权成立初期的几年，重建进程稳定进行，失业率降低，阿富汗国民生活水平迅速提升，偏远地区以塔利班为首的叛乱组织所能得到的支持很少，难以发展壮大，而因此稳定下来的安全局势则进一步促进了经济增长。然而，阿富汗的上述好转局面很大程度上来自于外界因素和自然因素，阿富汗执政当局在建立后腐败现象愈发严重，行政效能低下，内部凝聚力差，自身薄弱的军事力量缺乏加强，而且上述种种问题长期未能得到改善，这些都为后来的局势转变埋下隐患。
