南京吏部：掌握了南直隶地区官员考核和七品以下人事任命，但其吏部官员任命和选拔则受北京掌握；
南京工部：主要负责应天府区域内各地的修葺，职务简单；
南京礼部：皇帝很少来南京，即便祭祀也要事先让北京方面同意。
对于上述种种，南京六部受到北京六部限制的事在明朝并不鲜见，不少南京官员对此也感觉很憋屈，毕竟虽然名号差不多响亮，但只要加上"南京"二字在前，无论是价值还是职权都要贬抑不少。也因此，南京六部也被当成官员的"调养院"，成为在北京仕途不顺或即将致仕官员的一个职业生涯缓冲点。
在历史上，各种名不符实的官职或称呼层出不穷，或因王朝更迭、制度嬗变贬值，或因字面意思模糊让人想当然，但在名不符实的背后，纵观历史变迁，其实也蕴含了国家制度、人文思想的变迁。
正如史学家钱穆在《国史大纲》中所说的："惟藉过去乃可认识现在，亦惟对现在有真实之认识，乃能对现在有真实之改进。"
