南京六部的设置和北京六部区别不大，官员的品秩也是南北如一，南北六部各设有尚书一人(正二品)、左右侍郎各一人(正三品，南京六部无左侍郎)，都察院设有左右都御使(正二品，南京无左都御史)、左右副都御史(正三品)、左右全都御史(正四品)，下辖十三道监察御史一百一十人。
权力机构设置如此，但因为国家政治中心北迁，南京六部的有些部门，诸如工部、礼部也就开始不怎么管事，而其他部门则要受制于北京的部门。
南京户部：掌管了部分的税收管理以及盐引颁发，负责帝国命脉的漕运事务，在玄武湖附近还保存了全国的黄册（户口档案），但财政要上交北京户部；
南京兵部：负责整个南直隶地区的军务，形成了以守备、参赞、内守备等官组成的权力体系，是南京六部中职权最高的部门，必要时有权力调兵支援北京，但在军力调动上也多受北京掣肘；
南京刑部：在南直隶地区有司法权，职权简单，与都察院等刑名机构少有事务；
