可是，正当史可法派人前往广西迎接桂王进京的时候，情况却发生了变化。当时福王正栖身淮安，他听闻史可法和马士英决定绕开顺位继承的惯例，改立桂王为帝的消息后，立即向屯兵江北的几位总兵求助。当时南明在江北一带的兵力基本都掌握在高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清四位总兵手中，时称"江北四镇"。这几人都是野心勃勃的投机分子，如今福王主动向他们"投怀送抱"那正是求之不得的事情。于是，"江北四镇"立即宣布一致拥护福王登基称帝。
当马士英和史可法商议完毕返回江北后，才得知自己手下四位总兵擅自拥立福王的消息。鉴于形势的急剧变化，马士英知道再去争辩拥立哪位藩王已经毫无意义。于是他干脆顺水推舟，也宣布拥立福王。
1644年五月十五日，福王朱由崧于南京紫禁城武英殿即皇帝位，年号"弘光"，史称弘光皇帝。
弘光帝登基的事情让东林党、复社成员大为不满，但考虑到木已成舟，且对方手上有兵，因此只好暂时忍下了这口恶气。但东林党人并未善罢甘休，在此后短短一年时间里，东林党相继策划了"大悲案"、"太子案"、"童妃案"，其矛头直指弘光帝的帝位合法性。
