但同时张居正并不是法理上的政府首脑，六部听命于君主而不是内阁，因此当张的改革涉及到具体事务时部院长官就会认为内阁擅权。正是由于内阁没有部院的领导权，张居正为了节制部院，专门推出了考成法，。依据明制，京官每六年"京察"一次，地方官每三年一次"大计"（均指考察），张居正希望掌握考察权利，影响人事任命，进而节制部院。
具体来说张居正要求各衙门考核的公文不仅要抄送六科给事中，同时也需抄送内阁。由于内阁并无"预闻"的职权，因此当时言官就上疏驳斥。法理上依据的缺乏使得张无法进行有效的申辩，只能向君主请辞，他写道："所处者危地，所理者皇上之事，所代者皇上之言。"试想代幼主行事的李太后又怎么会让值得信任的张老师离开内阁，自然用皇权将群臣的质疑压了下去。然而仔细品读这句话，可以发现这其中也是违背了法理，有明一代为了巩固皇权甚至都取消了丞相一职，一切诏令出自君主，自然作为皇帝的秘书处内阁更不能干涉皇权，而张居正所言："所理者皇上之事，所代者皇上之言。"显然是张居正在君主年少之际，将从太后中获得的暂摄国政之权当做了相权，虽然其在当时取得了成功，却犯了大忌，埋下了被万历嫉恨的祸根，以至于死后被抄家夺谥。
从中我们可以发现，明代的首辅决不能等同于前朝的丞相
这首先是因为丞相对于君主的诏令拥有副署权，没有丞相的签署，诏令就会缺乏法理，然而首辅即使强势如张居正也没有副署权，从法理上来说张只是执行了君主的命令，而事实上由于君主年少，而在其当政时期对于皇权的干涉也因为法理的缺失成为了其被清算的主因之一。
