朱元璋作为一个出自社会底层的开国皇帝，对于政权的稳固性一直存疑，在创业阶段还能问策于李善长，求智于刘伯温，宽厚包容，等到天下既定，他多疑的性格和革命领袖的出身也让他对那些大权在握的臣下是否会照葫芦画瓢图谋天下而心存顾虑，同时权力欲望极强的也不允许有任何人与他分享权力。
不幸的是，胡惟庸两样都犯上了，虽然胡党案疑点重重，其中真相至今仍不可考，但是胡狂妄擅权的作风很难不让朱元璋猜忌，丞相这个一直以来与君分权的职位也让初登九五的皇帝格外烦躁。按捺不住的皇帝终于在1380年下定决心，对胡惟庸，对丞相制度进行了清算。胡党案发，前后长达十四年，牵连四万余人，不仅胡惟庸、李善长等诸多勋贵被问斩抄家，甚至连丞相制度也被废止，分权于六部、五府、都察院、通政司、大理院等诸衙门。朱元璋为了丞相制度不会死灰复燃，更是将罢相一事写入了《皇明祖训》："以後子孙做皇帝时，并不许立丞相。臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人淩迟，全家处死。"如此一来，皇权的最大竞争对手--丞相就这样被丢进了历史之中。
皇帝的秘书处--内阁的诞生
丞相废除了，相权自然也分散到了各衙门，六部分管其事，各不相属。而都察院，由御史台演变而来，负责弹劾纠察可以说是一个言官部门。通政司则是一个公文奏章出纳的机关，大理院可以理解为当今的最高法院。这三个部门加上六部合称九卿。而上文所说的五府则是指五军都督府，主管领兵打仗。由于政府首脑职位的缺失，军国政事，最后都是皇帝总其成。朱元璋作为出自社会底层的开国皇帝，即使放在历史长河中，也算精力格外出众的。大小事宜咸决于他，一日三朝的工作朱元璋一干就是三十一年。然而后世子孙长于深宫，精力有所不及，自然一个人忙不过来。
